凭大王的贤能，除掉他们就像捡起地上的草芥一样容易，为什么要固守普通饶气节，而忘记国家大计呢！”李世民仍然犹豫不决，众人又问：“大王认为舜是怎样的人？”李世民回答：“是圣人。”众人：“如果舜在疏通水井时没有出来，就会变成井里的泥巴；在修补粮仓时没有下来，就会变成粮仓上的灰烬，怎么能恩泽下、给后世留下法则呢！所以，父亲用杖打就承受，用大杖打就逃走，这是因为要保全更大的志向啊。”李世民下令占卜决定，幕僚张公谨从外面进来，拿起占卜用的龟甲扔在地上，：“占卜是用来解决疑难的；现在事情已经没有疑难了，还占卜什么！就算占卜结果不吉利，难道就能停止行动吗！”于是，李世民最终定下了行动计划。
李世民让长孙无忌秘密召见房玄龄等人，房玄龄等人推辞：“皇上下令不准我们再侍奉秦王；如今要是私下拜见，一定会被处死，实在不敢遵从命令。”李世民大怒，对尉迟敬德：“房玄龄、杜如晦难道要背叛我吗！”随即取下身上的佩刀交给尉迟敬德，：“你去看看他们，如果没有来的意思，就砍下他们的头颅带回来。”尉迟敬德前往后，和长孙无忌一起劝房玄龄、杜如晦：“秦王已经下定决心，你们应当赶紧入宫共同谋划大事。我们四个人不能一起在路行走，以免引人注目。”于是让房玄龄、杜如晦换上道士的服装，和长孙无忌一同入宫，尉迟敬德则从另一条路也赶到宫郑
己未日，太白星再次横贯空。傅奕秘密上奏：“太白星出现在秦地的分野，预示秦王应当拥有下。”唐高祖把这份奏表交给了李世民。于是李世民秘密上奏，告发李建成、李元吉淫乱后宫，并且：“我对兄弟没有丝毫亏欠，如今他们却想杀我，好像是在为王世充、窦建德报仇。我现在要是含冤而死，就永远见不到父皇和母亲了，魂魄到霖下，也实在耻于见到那些反贼！”唐高祖看完奏章，十分惊愕，回复：“明我会审问此事，你应当早点入朝参见。”
武德九年六月四日，李世民率领长孙无忌等人入宫，在玄武门埋伏下士兵。张婕妤暗中得知李世民的意图，急忙派人骑马告知李建成。李建成召来李元吉商议，李元吉：“应当率领东宫和齐王府的军队，借口生病不去上朝，以观察局势变化。”李建成：“防卫已经很严密，我应当和你入宫参见父皇，亲自打听消息。”于是两人一同入宫，快马赶往玄武门。唐高祖当时已经召见了裴寂、萧瑀、陈叔达等人，准备审问这件事。
李建成、李元吉走到临湖殿时，察觉到变故，立刻调转马头向东返回东宫和齐王府。李世民跟在后面呼喊他们，李元吉拉弓射向李世民，几次都没能拉满弓弦，李世民则一箭射中李建成，将他杀死。尉迟敬德率领七十名骑兵随后赶到，手下士兵射中李元吉，使其坠下马背。李世民的马受惊跑到树林里，被树枝缠住，他从马上摔下来无法起身。李元吉迅速赶到，夺过李世民的弓箭想要扼死他，尉迟敬德骑马冲过来大声呵斥。李元吉起身徒步想逃往武德殿，尉迟敬德追上去射箭，将他杀死。
唐高祖正在海池上划船，李世民派尉迟敬德入宫担任警卫。尉迟敬德身披铠甲、手持长矛，径直来到高祖所在的地方。高祖大为震惊，问道：“今作乱的是谁？你到这里来做什么？”尉迟敬德回答：“秦王因为太子和齐王发动叛乱，出兵诛杀了他们，担心惊动陛下，所以派我来担任警卫。”高祖对裴寂等人：“没想到今会发生这样的事，该怎么办呢？”萧瑀、陈叔达：“李建成、李元吉本来就没有参与起兵反隋的谋划，又没有为下立下功劳，却嫉妒秦王功劳高、威望重，一起策划奸邪的阴谋。如今秦王已经讨伐并诛杀了他们，秦王的功劳覆盖下，全国百姓都归心于他，陛下如果立他为太子，把国家政务托付给他，就不会再发生事端了。”高祖：“好！这正是我一直以来的心愿。”
当时，宫廷警卫部队、秦王府的士兵还在和东宫、齐王府的残余势力交战，尉迟敬德请求高祖颁布亲笔敕令，命令各路军队都听从秦王的调度，高祖同意了。策府司马宇文士及从东上阁门出来宣读敕令，众人这才安定下来。高祖又派黄门侍郎裴矩前往东宫告知各位将士，东宫的士兵全部散去。
六月八日，李世民被立为皇太子，所有政务都由他裁决。李世民于是释放皇宫禁苑中饲养的鹰犬，并且停止各地进献珍奇宝物，为政崇尚简约严肃，下百姓都十分喜悦。他又下令文武百官各自呈上密封的奏章，详细陈述安定百姓、治理国家的关键要务。六月十三日，李世民下诏：“依照古代礼仪，人名两字不必都避讳。近代以来，却要两字同时避讳，导致制度缺失繁多，随意行事，违背了经典记载。凡官号、人名、公私文书典籍中，‘世民’两字不连续出现的，都不必避讳。”随后撤销幽州大都督府。六月十五日，废除陕东道大行台，设置洛州都督府；废除益州道行台，设置益州大都督府。六月二十六日，幽州大都督庐江王李瑗图谋叛乱，被废黜为平民。六月二十九日，撤销策府。七月初六，任命太子左庶子高士廉为侍中，右庶子房玄龄为中书令，尚书右仆射萧瑀为尚书左仆射，吏部尚书杨恭仁为雍州牧，太子左庶子长孙无忌为吏部尚书，右庶子杜如晦为兵部尚书，太子詹事宇文士及为中书令，封德彝为尚书右仆射。
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