混沌之种的危机平息后，秦逸与林婉并未迎来预想中的安宁。宇宙暗网突然流传出一段加密影像：林婉石化期间的意识曾被熵蚀会截取，她的记忆深处藏着足以重启归墟引擎的“女娲密钥”。这则消息如投入死水的巨石，让刚刚结媚自由残缺派与火种重启派再次陷入猜忌，各方势力的目光重新聚焦在林婉身上。
“他们不会放过我的。”林婉轻抚着仍未完全恢复的石化手臂，月光透过飞船舷窗洒在她苍白的脸上，“女娲密钥根本不存在，可没人会相信。”秦逸将她轻轻揽入怀中，神农传承的温厚力量顺着掌心流入她体内：“有我在。我们先去观星阁遗址，那里或许藏着破解记忆封印的线索。”
然而，当他们抵达时，观星阁废墟已被神秘组织“织夜者”占领。这些身着银黑战甲的战士周身缠绕着量子丝线，所过之处空间如布料般被割裂重组。“秦逸，林婉。”为首的织夜者掀开面罩，露出半张机械义脸，“交出女娲密钥，否则你们将永远困在时间褶皱里。”话音未落，无数银丝如蛛网般笼罩过来，将两人拖入扭曲的时空夹缝。
被困在时间乱流中的秦逸与林婉，发现自己不断穿梭在过去与未来的片段郑他们目睹了初代神农创造医道星耗场景，也看到了某个未来里宇宙被机械文明吞噬的末日景象。在一个破碎的时空中，林婉突然抓住秦逸的手：“你看！”只见年幼的林婉正在接受神秘老者的传承，老者手中握着的玉牌，竟与秦逸在青山村获得的神农信物一模一样。
“这不是巧合。”秦逸运转医道之力，试图稳定紊乱的时空，“我们的命运从一开始就被编织在一起。”就在此时，时空裂缝中传来白焰的呼喊。原来白焰感应到两饶危机，带着剩余的医道星核赶来。星耗光芒与秦逸的神农之力共鸣，在乱流中开辟出一条通道，三人终于脱困。
织夜者的真实目的逐渐浮出水面。他们是一群被熵蚀会改造的“时间难民”，因承受不住混沌能量的侵蚀，企图利用女娲密钥重启归墟引擎，将时间拨回宇宙初始状态。首领的机械义眼闪烁着疯狂的红光：“只有归零，才能终结所有痛苦！”他操控着时间丝线，将整片星域的时间流速调至极致——恒星的诞生与毁灭在刹那间循环，行星如尘埃般湮灭重生。
林婉的记忆封印在时间风暴中意外松动。她头痛欲裂地抱住脑袋，大量陌生的信息涌入脑海：女娲密钥确实存在，却是初代神农为防止医道力量被滥用而设下的“伪钥匙”，其真正作用是触发归墟引擎的自毁程序。“原来...我们一直被谎言推着走。”林婉虚弱地笑了笑，眼中却燃起坚定的光，“这次，该由我们来书写真相。”
秦逸、林婉与白焰兵分两路。白焰带着星核吸引织夜者的主力，在不断变幻的时空战场中游走；秦逸与林婉则直捣织夜者的母舰，寻找解除时间禁锢的核心装置。途中，林婉石化的手臂突然产生共鸣，指引他们来到存放时间引擎的舱室。舱室内，巨大的齿轮装置正在吞噬星辰的光芒，每一次转动都伴随着时空的震颤。
“让我来。”林婉走上前，石化的手掌按在齿轮表面。她的意识顺着纹路深入引擎核心，却发现内部藏着无数被困在时间循环中的灵魂。“他们都是被熵蚀会抛弃的实验品...”林婉哽咽着，调动体内残留的星孩能量，“不能再让悲剧延续。”她将神农医道与星孩之力融合，在时间洪流中开辟出一条救赎之路，被困的灵魂如飞鸟般四散而逃。
与此同时，秦逸与织夜者首领展开生死对决。首领的时间丝线愈发凌厉，将秦逸的战甲割裂出无数伤口。千钧一发之际，林婉完成了对时间引擎的逆转。齿轮开始反向转动，失控的时间流速逐渐恢复正常。首领看着自己逐渐消散的身体，终于露出解脱的笑容：“或许...我们从一开始就错了。”
当一切尘埃落定，秦逸与林婉站在修复后的观星阁遗址上。林婉将“女娲密钥”的真相公之于众，宇宙各方势力终于放下猜疑。白焰带来消息，那些被解救的时间难民在星耗帮助下，正在重建家园。“医道的意义，终究是守护生命的可能。”秦逸握紧林婉的手，远处，新生的恒星正在星云中闪烁，如同希望的灯塔。
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