魏徵反对重用宦官。贞观十四年，李世民屡次以宦官充任使者，他们回京后又妄加弹奏，常使李世民发怒。魏徵即上奏：“阉竖虽微，狎近左右，时有言语，轻而易信，浸润之谮，为患特深，以今日之明，必无所虑，为子孙教，不可不杜绝其源。”太宗听后高胸：“非公，朕安得闻此言！”魏徵在唐初已看到重用宦官的隐患，并劝李世民要为子孙后代着想，表现了他在用人方面的卓识远见。
居安思危，善始慎终。在与李世民等人讨论创业与守业之难时，魏徵认为“帝王之起，必承衰乱”，在“覆彼昏狡”的情况下得到百姓拥戴，自然“百姓乐推，四海归命”，因此这种创业的过程“乃不为难”。这里，魏徵对披坚执锐、出入生死的创业之难估计不足。但他分析守成之难却是鞭辟入里的：“然既得之后，志趣骄逸，百姓欲静而徭役不休，百姓凋残而侈务不息，国之衰敝，恒由此起。”由此，他总结道：“以斯而言，守成则难。”
魏徵认为，要守成帝业，使国家长治久安，最重要的就是居安思危。贞观五年，李世民谈到虽然国内相安无事，四夷宾服，但自己仍“日慎一日，惟惧不终”。魏徵回答：“内外治安，臣不以为喜，唯喜陛下居安思危耳。”魏徵熟谙历史，见历史上不少帝王都以居安忘危、骄奢怠惰，因而下大乱，因此在贞观六年与李世民谈论古代帝王兴衰时建议道：“今陛下富有四海，内外清晏，能留心治道，常临深履薄，国家历数，自然灵长。”他认为居安忘危，处治忘乱是由于帝王忘乎所以，无心政治，因而导致了国家的危亡与覆灭，以此提醒太宗，要心在意，时刻保持着高度的警觉。
魏徵常以亡隋为借鉴，以明居安思危的迫切性。贞观十一年，他接连上疏，反复强调“以隋为戒”的重大意义。在奏疏中：隋“统一寰宇，甲兵强盛，三十余年，风行万里，威动殊俗”，一旦土崩瓦解，原因何在呢？是在于“安不思危，治不念乱，存不虑亡之所致也”。因此他告诫太宗“鉴国之安危，必取于亡国”，并表示“臣愿当今之动静，思隋氏为鉴，则存亡治乱，可得而知。若能思其所以危，则安矣；思其所以乱，则治矣；思其所以亡，则存矣”。魏徵总结隋亡的教训，作为太宗治理国家的一面镜子，以做到居安思危，警钟长鸣。
《诗经》所云“靡不有初，鲜克有终”，这几乎成为一条规律。魏徵明了这一点，他在奏疏中古代帝王“莫不殷忧而道着，功成而德衰。有善始者实繁，能克终者盖寡”，原因何在呢？他解释：“夫在殷忧，必竭诚以待下；既得志，则纵隋以傲物。”当志得意满之后，玩物丧志，骄奢淫逸。因此，他特别告诫李世民“载舟覆舟，所宜深慎，奔车朽索，其可忽乎？”他这种慎终如始的思想是难能可贵的，是保证帝业兴盛不衰的重要因素。
从善始慎终的政治思想出发，魏徵特别留意观察李世民政治上的变化，及时提醒他注意。贞观六年，李世民与侍臣论安危之本，近来政事如何时，魏徵认为政事不如贞观之初。他比较：“贞观之初，陛下志在节俭，求谏不倦。比来营缮微多，谏者颇有忤旨，此其所以异耳！”魏徵有的放矢，李世民听了心悦诚服，拍手大笑：“诚有是事。”
此后，魏徵还经常劝谏李世民要保持即位之初孜孜求治的思想作风。贞观十一年五月，他上疏：“陛下欲善之志不及于昔时，闻过必改少亏于曩日，谴罚积多，威怒微厉。”批评了太宗政事不如贞观之初，并指出：“陛下往以未治为忧，故德义日新；今以既治为安，故不逮。”他列举了不少太宗勉强从谏的事例，明与贞观之初从谏如流的作风大不一样。李世民听后很满意。
贞观十三年，魏徵乘太宗诏五品以上官上封事之机，全面地、系统地总结了政事不如贞观之初的事实，上《十渐不克终疏》。疏中列举了太宗搜求珍玩、纵欲以劳役百姓、呢人、疏君子、崇尚奢靡、频事游猎、无事兴兵、使百姓疲于徭役等不克终十渐，批评了太宗的骄满情绪，再次提醒他慎终如始。太宗看完奏疏后，欣然接纳，并把他的奏疏“列为屏障，庶朝夕见之，兼录付史官，使万世知君臣之义”。
贞观十四年，魏徵再次向李世民建言：“臣观古来帝王拨乱创业，必自戒慎，采刍荛之议，从忠谠之言。下既安，则恣情肆欲，甘乐谄谀，恶闻正谏。”以此劝李世民要善始善终。
魏徵喜逢知己之主，竭尽股肱之力，辅助太宗理政，成为其左手右臂。他建言行事，匡正朝政失误，最终助成贞观之治。
自贞观三年起，魏徵奉命总撰了唐初八史中的五史，即《周书》《梁书》《陈书》《北齐书》《隋书》。其中，他负责主修《隋书》，还为《隋书》写了序论，为《梁书》《陈书》《北齐书》撰写了总论，并对各史“多所损益，务存简正” ，终于在贞观十年修成了“时称良史”的这几部史学着作。
在主修的《隋书》中，魏徵追求“直笔”的修史态度，唐初可用史料丰富，有专业的修史机构“史馆”支持，多位修史学士执笔，以及其他诸多因素，使得《隋书》具有了极高的史学价值。其侄经籍志》为魏徵亲撰，正式应用了经、史、子、集四部分类法，史部首次作为一个大类被单独分列，此举不仅提升了史书的地位，也为目录学做出了巨大贡献。
除了修史外，魏徵还编纂了大量历史文献。鉴于隋末图籍散失，制度、法令纷乱繁杂的状况，魏徵奏请校订四部书。
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